Kündigung Minijob - Was passiert mit den Minus Stunden ?

Steht im Arbeitsvertrag irgendetwas zu einem Arbeitszeitkonto? Wenn nicht, dann gilt die vereinbarte Arbeitszeit für den jeweiligen Monat.
Was steht denn genau zur Arbeitszeit im Vertrag?

Hier ist der Arbeitgeber vermutlich im "Annahmeverzug" (einfach mal googeln). Wenn der Arbeitnehmer nicht arbeiten darf, obwohl er seine Arbeitskraft anbietet, dann hat er dafür Anspruch auf sein Gehalt. Da muss nichts nachgearbeitet werden.

/// .. da meine Chefin mich letzten Monat nicht eintragen konnte,

Zum 'unternehmerischen Risiko' gehört auch, tatsächlich Arbeit für die AN zu haben. Wenn nicht - Pech für die Chefin. Annahmeverzug.
Minusstunden musst du nur nacharbeiten, wenn du sie auch verursacht hast, z.B. durch Arztbesuche.